Джон Гэвин Малкович появился на свет 9 декабря 1953 года. Местом его рождения стал небольшой городок Бентон в американском штате Иллинойс. Его мать владела местной газетой, благодаря чему вся семья была в курсе последних мировых новостей. Отец Джона боролся за сохранение окружающей среды и в итоге стал одни из учредителей экологического журнала.
В 1978 году Малкович стал актером театра Steppenwolf в Чикаго. За шесть лет работы в театре Джон сыграл более пятидесяти ролей, параллельно успевая работать вне театра. В 1984 году ему посчастливилось принять участие в бродвейском спектакле «Смерть коммивояжера», где его партнером был Дастин Хоффман.
В том же 1984 году Джон Малкович впервые попробовал свои силы в кино. Его дебютом стала лента «Место в сердце», режиссером которой был Роберт Бентон. Роль слепого квартиранта произвела сильное впечатление на кинокритиков, за нее Малкович был номинирован на «Оскар». Вскоре последовали работы в «Стеклянном зверинце» и «Империи солнца», после съемок в последней к Малковичу начали присматриваться видные продюсеры.
Зрительское признание пришло к Джону в 1988 году после съемок в фильме «Опасные связи» Стивена Фрирса, где он сыграл виконта де Вальмона. Спустя два года Бернардо Бертолуччи пригласил его в свой новый фильм «Под покровом небес», где Малкович сыграл насытившегося жизнью богатого американца, причем сыграл так блистательно, что получил вторую номинацию на «Оскар».
Предложения следовали одно за другим, Джон всегда на них соглашался, не боясь экспериментировать и всегда играл блестяще. К началу 1990-х с Малковичем хотели работать многие режиссеры и звезды Голливуда. В 1993 году он снялся в триллере «На линии огня», где его партнерами были Клинт Иствуд, Дилан Макдермотт и Гэри Коул.
Безусловно, талантливая личность Малковича привлекала к себе внимание зрителей и продюсеров. В 1999 году появился проект «Быть Джоном Малковичем», снятый режиссером Спайком Джонсом. Многие режиссеры полагают, что это первый проект, где столь жестко решалась проблема самоопределения человека в мире.
В 2002 году Малкович принял участие в картине «Танцующая наверху» в качестве актера, продюсера и режиссера. В том же году вышли в свет ленты «Наполеон», «Адаптация», «Игра Рипли», где его партнерами были Крис Купер, Мерил Стрип и другие популярные актеры.
Малкович ежегодно снимается в трех-четырех лентах. Среди его последних работ критики выделяют «Беовульф», «После прочтения сжечь», «Хроники мутантов» и третью часть «Трансформеров».
Малкович был дважды женат, но неудачно. От прошлых браков он растит дочь Амандин и сына Лорви. В 1999 году его третьей женой стала София Коппола, наследница знаменитого Френсиса Форд Копполы. Свадьба была сыграна наспех, а после нее молодожены разъехались по съемочным площадкам.