Со своей женой он познакомился в 2000 году, в 2007 году она подарила ему сына. Вскоре после родов у нее обнаружили злокачественную опухоль, и в 2008 году, несмотря на проведенный курс лечения и операции, женщина умерла. Смерть жены была для Хабенского сильным ударом, поэтому долгое время он вел замкнутый образ жизни, полностью погрузившись в работу. Ребенком в это время занималась бабушка.
Все это время личная жизнь Константина Хабенского находилась под пристальным вниманием со стороны журналистов, ему приписывались многочисленные романы с различными женщинами, начиная от Лизы Боярской и заканчивая Леной Перовой, но по прошествии времени ни один из них не подтвердился. Более того, все эти предположения строились лишь на том, что на каких-либо мероприятиях актера видели с той или иной дамой, тогда как иной подтверждающей информации у прессы не было.
Последняя женщина, с которой упорно связывают Константина Хабенского слухи, - это актриса Ольга Литвинова, играющая с ним в двух спектаклях. В таблоидах упоминают даже тот факт, что, якобы, пара живет вместе. Сам актер не старается скрыть подробности своей личной жизни, но и не выставляет ее напоказ, ограничиваясь краткими фразами в интервью о том, что у него все нормально.