Розовые мечты Джен о блестящей театральной карьере уже после первого появления на экране уступили место желанию обосноваться в Голилвуде. Мелодрама «Зоя» по бестселлеру Даниэллы Стилл стала неплохой стартовой площадкой. Джен стали регулярно приглашать на роли второго плана во всевозможные сериалы (на съемках одного из них она познакомилась со своим первым мужем Скоттом Фоли). А в 2000 году ей выпала удача и в большом кино: сначала в виде роли подруги Эштона Катчера в комедии «Где моя тачка, чувак?», затем - в роли медсестры в военной драме «Перл Харбор». В это же время Дженнифер Гарнер была утверждена в сериал «Шпионка» и на пять лет превратилась в агента Сидни Бристоу.
Расставшись с мужем, Джен занялась работой, однако новая любовь опять настигла ее прямо на съемках. Совместная работа в фильме «Сорвиголова» стала для нее и голливудского красавца Бена Аффлека началом романтических отношений, которые быстро перешли в крепкий брак. У Джен и Бена трое детей, дочери Вайолет ( «Фиалка» ) и Серафина и малыш Сэмюэль, родившийся в феврале 2012 года. В Голливуде Дженнифер славится как образцовая мать: она сама готовит детям еду, возит старшую дочь в школу и на занятия балетом и наряжает своих малышек как куколок.