В том же 1962 году Пратибха Патиль занялась политикой, вступив в партию Индийского национального конгресса и став депутатом Ассамблеи Махараштры. Через 3 года женщина вышла замуж и родила двоих детей. Ее муж впоследствии присоединился к жене и вместе они создали несколько общественных учреждений. Среди них – образовательный институт со множеством подшефных школ и колледжей в родном округе Патиль Джалгаон и в Бомбее, а также общежитие для работающих женщин в Дели и фабрику по производству сахара. Последним учреждением она руководила лично.
В 1967 году Пратибха Патиль была выбрана в правительство своего штата, где работала до 1985 года, занимая различные посты. Она побывала в должности министра образования, культуры, здравоохранения, туризма, социального благосостояния и жилищного строительства. В середине 70-х годов политик стала главным инициатором создания программы, помогающей женщинам обрести финансовую независимость. В 1977 году она была арестована и 10 дней провела в тюрьме за поддержку Ганди.
1985 год принес Пратибхе Патиль назначение в Совет штатов, высший управляющий орган парламента страны. В 1987 году она его возглавила, а еще через 4 года была избрана главой Комитета по делам палаты от округа Арамвати. В 1996 году, когда ее полномочия закончились, в политической деятельности наступил долгий перерыв. Будучи энергичным человеком, она заполнила вынужденный простой в работе организацией мероприятий по пропаганде женского образования и отмены ношения чадры.
Через 8 лет Пратибха Патиль стала губернатором штата Раджастан. Это был первый случай в истории Индии, когда столь крупный пост заняла женщина. Через 3 года партия выдвинула ее на пост 13-го президента. По мнению ее соратников, это могло чрезвычайно поспособствовать укреплению позиций женщин в Индии. Пратибха Патиль одержала безоговорочную победу, получив две трети голосов.