Природный оттенок аметиста - фиолетовый, сиреневый, лиловый, степень насыщенности цвета бывает самая различная. Высока твердость аметиста, поэтому на пробу можно попробовать поцарапать его стальным предметом. На подделке скорее всего получится оставить царапины, на натуральном камне - нет. Синтетический аметист таким методом не отличить, его твердость тоже очень высока. Можно попытаться отличить по цвету: очень насыщенная и равномерная окраска редко встречается в природе и поэтому настораживает. Прозрачность так же может служить показателем, натуральные аметисты не обладают глубокой и равномерной степенью прозрачности. Нередко за аметист по незнанию или с конкретным умыслом пытаются выдать кристаллы флюорита, действительно на него очень похожие. Отличить их друг от друга в условиях магазина практически невозможно. От стекла и тем более акрила аметист отличается значительным весом.
Можно отличить натуральный аметист от выращенного искусственно при помощи воды. Опустив в стакан с водой натуральный аметист, можно наблюдать обесцвечивание камня по контуру, тогда как искусственный камень обесцвечен не будет. У натурального аметиста плохая теплопроводность, и для того, чтобы согреть этот камень, требуется больше, чем обычно, времени. Особенно хорошо сравнивать два камня, один из которых совершенно точно определен как натуральный или же синтетический. Хорошие результаты дает ультрафиолетовое излучение. Синтетический камень в его лучах обесцвечивается участками, натуральный же полностью. По своей структуре натуральный природный аметист всегда очень неоднороден. В нем присутствуют жидкостные, газо-жидкостные включения, микротрещины, микротрубочки. Синтетические камни при увеличении в лупу выглядят идеально ровными.
Тот факт, что природный аметист никогда не бывает окрашен равномерно, так как состоит из кристаллов, имеющих различную окраску. Разделение на зоны между этими кристаллами обычно очень хорошо видно под микроскопом. В том случае, если камень очень светлый и разделение видно не очень хорошо, можно увидеть его, включив режим инверсии(негатива). Если же зональность не просматривается ни одним из способов, рассматриваемый камень скорее всего имеет синтетическую природу. Рассматривать под микроскопом камень в оправе тоже возможно, но с некоторыми условиями. Нужен будет точнонаправленный внешний источник света, но и он не поможет подсветить камень, убранный в оправу наглухо.